Развитие таможенных органов представляет собой сложный процесс. Лишь по мере создания и укрепления централизованного государства, расширения внешнеэкономического общения и оборота шло становление и развитие структур и институтов, которые составили в дальнейшем ядро российской таможенной службы.

Если говорить о таможенных органах древней Руси, то их как таковых не существовало. Были заставы, через которые провозили грузы.

Издавна у русских, как норма обычного права, существовало правило взимать мыт или мыто — сбор за провоз товаров через заставы. Именно к этим понятиям восходят сохранившиеся в славянских языках слова «мыт­ник» или «мытчик» — сборщик пошлин, «мытища» — места сбора мыта.

Завоевание русских земель татаро-монгольскими племенами привело к укоренению в русском языке слова «тамга», означавшее у тюркских народов знак, клеймо, тавро, которое проставлялось на имуществе, принадлежавшем определенному роду. Получение ханских ярлыков сопровождалось сбором, который стал называться у русских тамгой. От слова «тамга» был образован глагол «таможить», т.е. облагать товар пошлиной, а место, где товар «тамжили» стало называться таможней. Служилый человек, в прошлом называвшийся мытником, стал называться таможенником. В обиход вошли словосочетания «таможенная голова» (старший таможенник), «таможенная грамота» (разрешение лицу, общине или монастырю организовывать в своих владениях торговлю и брать с провозимого товара пошлину).

Со временем совершенствовалась организация таможенного дела в России. Управление таможенными сборами с 1718 г. начало осуществлять учрежденная Петром I Коммерц-коллегия, которая была самостоятельным управленческим ведомством. Избиравшиеся по-прежнему из купечества управляющие таможнями (они назывались таможенными бурмистрами, а с 1720 г. — обер-уольнерами) получали годовое денежное содержание как служащие. Отмененная в 1681 г. система откупов была в 1712 году введена на сухопутной границе.

Правительство Петра I для того, чтобы обеспечить проведение таможенных мероприятий, укрепляло государственные границы, на западе их охраняли регулярные войска. В конце царствования здесь существовало 15 крепостей. Между крепостями и впереди них были созданы цепи форпостов.

В 1754 году была учреждена пограничная стража как особый корпус войск, охранявшая границу на Украине и в Лифляндии, а позднее в дополнение к ней — казачья и таможенная стража, состоявшая из таможенных объездчиков.

В 1782 году Екатерина II учредила пограничную таможенную стражу для отвращения набегов на западной границе. Она состояла из таможенных надзирателей — по одному на каждые десять верст, которые несли дозоры на своем участке.

Если надзиратель или находившиеся под его начальством объездчики не могли самостоятельно задерживать контрабандистов. они должны были преследовать их до ближайшего селения, в котором обращались за помощью к местным властям.

В 1819 году был принят таможенный устав, в котором охрана государственной границы возлагалась на таможенную, а затем пограничную стражу министерства финансов.

В 1822 году казачьи части были переведены во вторую линию, отстоявшую на три-пять верст от линии таможенных объездчиков, а в 1823 году в дополнении к конным объездчикам в пограничную и таможенную охрану были введены еще и стражники — пешие воины.

В 1827 году по Положению об устройстве пограничной таможенной стражи, последняя была сведена в особые части бригады, полубригады и роты, которые делились н отряды, а иногда на подвижные колонны. В 1827 году в страже было 37 кадровых офицеров, 275 запасных офицеров, 3282 рядовых. Надзиратели таможни и их помощники стали числиться не на гражданской, а на военной службе.

Систему таможенных органов середины 19 века можно представить по Таможенному уставу. Таможни и таможенные заставы учреждались по внешней сухопутной и морской границе империи и царства Польского, а на северо-западе — по границе России с Финляндией.

В зависимости от того, какой объем операции производили таможни, они делились на крупные — таможни первого класса (Архангельская, Санкт-Петербургская, Московская и др.), средние — таможни второго класса (Ев­паторийская и др.) и малые — таможни третьего класса (Николаевская, Мариупольская и др.). Некоторые таможни имели передовые филиалы. Например, в Санкт-Петербурге форпостом была Кронштадтская таможня. В некоторых таможнях имелись передовые посты, называвшиеся заставами. Кроме таможен и застав создавались переходные таможенные пункты. Таможни одного региона группировались в таможенные округа: Санкт-Петербургский, Ревельский, Рижский, Либавский. Одесский и др. Также учреждалась пограничная стража для предотвращения тайного провоза товаров.