Появление таможни («таможенной избы») в Томске относится к началу 17 в. и было связано с установлением «калмацкого торга» — о чем сообщалось в отписке воеводы В. Волынского царю Борису Годунову, датируемой 1609 г. Таможенные сборы здесь напрямую взимались в пользу казны. Метом проведения торга местных жителей со степными кочевщиками был левый берег Томи по соседству с Тояновым городом (ныне район Дачного городка). Торговля проводилась и в самом городе.

Сохранившиеся таможенные книги г. Томска за 1624-1625, 1627 годы (а также приходная книга г. Томска за 1631-1632 гг. и наказная память хранятся в отделе редких книг и рукописей Научной библиотеки Томского государственного университета) позволяют восстановить перечень взимавшихся на Томской таможне торговых пошлин, имена приехавших в далекий сибирский город торговых людей или их приказчиков, перечисление привезенных ими товаров, с указанием количества каждого из них и общей суммы, установленной по оценке таможенной избы.

Таможенные сборы приносили значительный доход в городской бюджет. В 1626 году они составляли 70% его доходной части. В приходной книге Томска за 1631-1632 годы зафиксировано, что за год через таможню прошло денег, товаров и пушнины, обложенных пошлинами на 14.000 рублей. Только «печатных» пошлин было взято 252 рубля.

Возглавлял таможню голова — выборное должностное лицо. При нем состояло несколько помощников — целовальников (перед вступлением в должность они давали присягу и целовали крест — отсюда и название должности), избиравшихся сроком на один год. Старший из них, имевший доступ к таможенной казне, хранившейся в специальном ящике — «ларе», назывался «ларечным».

Имелись также «караульные» (охраняли таможенную избу) и «ходячие» (собирали пошлины в торговых местах) целовальники. Ведением таможенной документации занимались местные подъячие, получавшие жалование за счет сбора с «писчей деньги».

Вступив в должность, таможенный голова обязан был принять от своего приемника уставные грамоты и все таможенные дела.

Сохранялась наказная память, данная одному из таможенных голов Томска конца 17 в. В ней подробно описывается порядок приема-передачи дел, определяются должностные обязанности «Андрея с целовальники». Так, они должны были производить осмотр и опись всех приведенных товаров, давать им оценку в соответствии с ценами на местном рынке, взимать с них «государству десятую пошлину». Списки прибывших торговцев с росписью товара, его оценкой и деньги, полученные в качестве пошлины, полагалось ежемесячно сдавать в городскую казну.

Им следовало также следить, чтобы торговля велась только в отведенных для этого местах: в гостином дворе и на калмыцком торгу.

Точных данных о ликвидации Томской таможни пока нет. Однако известно, что в 1754 г. Указом императрицы Елизаветы Петровны внутренние таможенные пошлины были отменены на основной территории страны, а в 1755 г. — в Малороссии. Заменившая их единообразная 13%-я «новоположенная», или «новоположенная прибавочная» таможенная пошлина на границах государства должны была взиматься со всех ввозимых товаров в портовых и пограничных таможнях.