Создание таможенных органов — исходное начало и условие осуществления таможенного дела, его организационного обеспечения. Таможенный кодекс Российской Федерации относит к ним Государственный таможенный комитет Российской Федерации, региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты.

Таможенные органы в структурном и функциональным отношении образуют единую, целостную систему. Эта система строится с учетом тех же принципов, на которых основывается таможенное дело в России: единства таможенной политики, единства таможенной территории, единства таможенного законодательства, единство тарифного регулирования, сочетания его с мерами экономической политики.

Общее руководство таможенным делом осуществляют Президент и Правительство Российской Федерации.

Таможенные органы и другие учреждения таможенной службы являются неотъемлемой составной частью системы государственных органов исполнительной власти. Принадлежность таможенных органов к этой системе подчеркнута отнесением их к правоохранительным органам, приданием им военизированного характера. Это нашло свое отражение в структурном построении и усложнении функций таможенных органов. А также данное положение нашло свое закрепление в статье 8 Таможенного кодекса, в которой говорится о том, что таможенные органы являются правоохранительными органами.

Однако система таможенных органов имеет свои особенности, свою целенаправленность, которые придают ей большую самостоятельность. Они проявляются прежде всего в структуре таможенных органов, определяющей специфику отношений координации и субординации между ними и внутреннюю организацию таможенной системы в целом. ГТК России как федеральный орган исполнительной власти осуществляет непосредственное руководство таможенными органами и таможенным делом. Среди его основных задач — организация и совершенствование таможенного дела в стране. Он наделен полномочиями по созданию, реорганизации и ликвидации региональных таможенных управлений и таможен, а также подведомственных предприятий, учреждений и организаций. Такие же полномочия в отношении таможенных постов отнесены к компетенции региональных таможенных управлений.

ГТК России уделяет в пределах совей компетенции нормативные акты по таможенному делу, обязательные для исполнения всеми таможенными органами и иными государственными органами, предприятиями, учреждениями, организациями страны, независимо от форм собственности и подчиненности, а также должностными лицами и гражданами.

Статья 8 Таможенного кодекса говорит о том, что никакие государственные органы, кроме Президента, парламента и Правительства, не вправе принимать решения. затрагивающие компетенцию таможенных органов, выполнять без соответствующего допуска или изменять их функции, возлагать на них дополнительные задачи или иным образом вмешиваться в деятельность этих органов, которая соответствует таможенному законодательству страны.

Отличительные особенности таможенной службы подчеркивают также ее атрибуты и символы. Так, таможенный кодекс закрепляет положение о том, что таможенные органы Российской Федерации и находящиеся в их распоряжении морские и речные суда имеют флаг. Автотранспортные средства и воздушные суда, находящиеся в распоряжении таможенных органов РФ, имеют опознавательный знак.

Положение о знаках отличия применяются также к руководителям и специалистам таможенных лабораторий, научно-исследовательских учреждений и учебных заведений ГТК России.

Таможенный кодекс 1993 года закрепил положение о том, что таможенное дело непосредственно осуществляют таможенные органы РФ, составляющие единую систему, в которую входят: