Первый заместитель начальника таможни, главный бухгалтер и начальник юридического отдела таможни назначаются на должность и освобождаются от должности приказами ГТК России.

В отношении таможни, непосредственно подчиненной Управлению, указанные лица назначаются на должность и освобождаются от должности по представлению начальника Управления, которому таможня непосредственно подчинена. Заместители начальника таможни назначаются на должность и освобождаются от должности приказами вышестоящего таможенного органа по предоставлению начальника таможни и по согласованию с соответствующими функциональными подразделениями ГТК России. Начальники иных самостоятельных структурных подразделений таможни назначаются на должность и освобождаются от должности приказами таможни по согласованию с вышестоящим органом.

Начальник таможни имеет большой круг полномочий. Он руководит на принципах единоначалия деятельностью таможни и нижестоящих таможенных постов; несет персональную ответственность за выполнение возложенных на таможню задач и функций. состояние правовой деятельности таможни и таможенных постов, правильность и обоснованность расходования выделенных и закрепленных денежных средств, состояние бухгалтерского учета, планово-финансовой, бюджетной, кассовой, платежно-расчетной, штатной дисциплины и достоверность финансовой, бухгалтерской и иной отчетности; распределяет обязанности между своими заместителями и устанавливает степень их ответственности; представляет таможню в государственных органах; утверждает структуру и штатное расписание таможни; утверждает положение о структурных подразделениях таможни, распоряжается в пределах своей компетенции денежными средствами и иным имуществом, закрепленным за таможней; заключает от имени таможни сделки, выдает доверенности; вносит в вышестоящий таможенных орган предложения о присвоении специальных званий подчиненным должностным лицам и т.д.

Типовая структура и типовая штатная численность таможенного поста утверждаются ГТК России. Управление вправе дополнять или изменять типовую структуру нижестоящих таможенных постов.

Конкретная структура, конкретная штатная численность таможенного поста утверждаются вышестоящими таможенными органами.

Таможенный пост возглавляет начальник. Назначение на должность и освобождение от должности начальника таможенного поста осуществляется:

- приказом ГТК России — в отношении таможенного поста, подчиненного непосредственно ГТК России;

- начальником Управления — в отношении таможенного поста, подчиненного непосредственно Управлению;

- приказом Управления по представлению начальника таможни и по согласованию с соответствующими функциональными подразделениями Управления — в отношении таможенного поста, подчиненного непосредственно таможне;

- начальником таможни — в отношении таможенного поста, подчиненного таможне, непосредственно подчиненной ГТК России.

Такова современная структура таможенных органов.

Но с развитием рыночной экономики, увеличением ввоза и вывоза товаров, необходимо и совершенствование организационной структуры. Ослабление или несоответствие любого звена снижает, а подчас сводит к нулю результативность работы системы таможенных органов в целом.

Так, анализ организации контроля за доставкой товаров в таможни назначения и таможенного оформления выявил, что должного взаимодействия между таможнями и таможенными постами и координации их работы нет не только по всему маршруту движения товаров, но и в границах одного регионального управления. В этом одна из основных причин многочисленных нарушений режима внутреннего таможенного транзита, связанных с недоставкой товаров к месту назначения и неуплатой таможенных платежей. В этой связи требуются огромные усилия, чтобы обеспечить адекватно высокую эффективность организационных отношений между таможенными органами как по вертикали, так и по горизонтали. В частности, следует внести изменения в организационную структуру таможенных органов, чтобы обеспечить надежность перевозки товаров, осуществляемых под таможенным контролем.

ГТК России определил совершенствование организационной структуры таможенных органов в качестве одного из приоритетных направлений организации и осуществления таможенного дела. Эта деятельность органично связана с такими направлениями, как: совершенствование технологий взимания таможенных платежей и контроля за их поступлением в Федеральный бюджет в полном объеме, унификация и упрощение технологии таможенного контроля; повышения роли таможенных органов как правоохранительных органов; совершенствовании форм и методов управления таможенной службой.

Таким образом, центр тяжести в организации таможенного дела переносится на совершенствование организационной структуры, обеспечивающей высокую дееспособность таможенных органов и активность таможенной системы в целом.