Проблема необходимости государственного регулирования естественных монополий была осознана властью лишь к 1994 г., когда рост цен на производимую ими продукцию уже оказал существенное влияние на подрыв экономики. При этом реформаторское крыло правительства стало уделять большее внимание проблемам регулирования естественных монополий не столько в связи с необходимостью остановить рост цен в соответствующих отраслях или обеспечить использование возможностей ценового механизма для макроэкономической политики, а в первую очередь стремясь ограничить круг регулируемых цен.

Первый проект Закона «О естественных монополиях» был подготовлен сотрудниками Российского центра приватизации по поручению ГКАП РФ в начале 1994 г. После этого проект дорабатывался российскими и зарубежными экспертами и согласовывался с отраслевыми министерствами и компаниями (Минсвязи, МПС, Минтранс, Минатом, Миннац, РАО «Газпром», РАО «ЕЭС России» и др.). Против проекта выступили многие отраслевые министерства, однако ГКАП и Минэкономики удалось преодолеть их сопротивление. Уже в августе правительство направило согласованный со всеми заинтересованными министерствами проект Закона в Госдуму.

Первое чтение Закона в Госдуме (январь 1995 г.) не вызвало продолжительных дискуссий. Основные проблемы возникали на парламентских слушаниях и на встречах в комитетах Госдумы, где представители отраслей вновь делали попытки изменить содержание или даже препятствовать принятию проекта. Обсуждались многочисленные вопросы: о правомерности предоставления органам регулирования права контролировать инвестиционную деятельность компаний; о границах регулирования - правомерности регулирования видов деятельности, которые не относятся к естественным монополиям, но связаны с регулируемыми видами деятельности; о возможности сохранения функций регулирования у отраслевых министерств и т.д.

В начале февраля в Госдуму поступило письмо Президента РФ, в котором предлагалось приостановить рассмотрение проекта Закона и наряду с другими содержалось обвинение в несоответствии проекта программе дальнейшей либерализации экономики. Однако уже в конце февраля был опубликован Указ Президента N220 «О некоторых мерах по государственному регулированию естественных монополий в Российской Федерации». В нем правительству предписывалось в месячный срок представить предложения о создании Федеральной службы по регулированию естественных монополий в топливно-энергетическом комплексе, Федеральной службы по регулированию естественных монополий на транспорте, Федеральной службы по регулированию естественных монополий в области связи. Практически одновременное появление письма президента и его Указа показывает, насколько мощным было лоббирование сил, обладавших противоположными интересами.

В апреле Госдума приняла Закон, и он был отправлен на подпись Президенту. В мае Президент, сославшись на наличие в нем противоречий с действующим законодательством, наложил вето на Закон в новой редакции и вернул его в Госдуму. В июне-июле работала согласительная комиссия Госдумы и президентского аппарата. После этого Госдума практически без обсуждения приняла Закон в новой редакции и 17 августа Президент подписал Закон. Это стало возможным благодаря широкой летней кампании, которую развернули средства массовой информации против злоупотреблений, допускаемых естественными монополиями. Особое внимание обращалось на финансовые показатели газовой промышленности, возможность улучшить состояние госбюджета в результате увеличения налогообложения РАО «Газпром» и отмены привилегий по формированию внебюджетного фонда и т.п.

По Закону «О естественных монополиях», сфера регулирования включает транспортировку нефти и нефтепродуктов по магистральным трубопроводам, транспортировку газа по трубопроводам, услуги по передаче электрической и тепловой энергии, железнодорожные перевозки, услуги транспортных терминалов, портов и аэропортов, услуги общедоступной и почтовой связи.

Основными методами регулирования выступили: ценовое регулирование, то есть прямое определение цен (тарифов) или назначение их предельного уровня; определение потребителей для обязательного обслуживания и/или установление минимального уровня их обеспечения. Органам регулирования также вменяется в обязанность контролировать различные виды деятельности субъектов естественных монополий, включая сделки по приобретению прав собственности, крупные инвестиционные проекты, продажу и сдачу в аренду имущества.

Зарубежные опыт регулирования показывает, что главным в такого деятельности является максимальная независимость регулирующих органов как от других органов государственного управления, так и от регулируемых ими хозяйственных субъектов, а также согласованность интересов и направлений работы регулирующих органов, что предоставит им возможность принимать политически непопулярные решения.

В первоначальном проекте Закона предполагалось, что органы регулирования будут обладать высокой степенью независимости: члены их правлений, назначенные на продолжительный срок, не могли быть уволены ни по каким причинам, кроме как по решению суда; предусматривался запрет на совмещение должностей членами правлений, владение акциями регулируемых компаний и т.п. Однако в окончательной редакции многие прогрессивные положения, заимствованные из многолетней практики регулирования в зарубежных странах, были либо смягчены, либо изъяты, что ставит под вопрос возможность принятия решений, в достаточной степени защищенных от влияния различных политических сил.