Упорядочение налогообложения, в первую очередь, направлено на отмену действовавших ранее нерациональных налогов и иных платежей. Принципиально сохранены только основные налоги, формирующие основу российской налоговой системы – налог на добавленную стоимость, акцизы, налог на прибыль организаций, налог с доходов физических лиц, ресурсные и некоторые другие платежи. Они были апробированы во многих государствах с различными налоговыми системами и доказали свою достаточно высокую эффективность, за многие годы существования к ним адаптировались и российские плательщики.

Во второй части Налогового Кодекса сделана попытка устранить недостатки и упорядочить взимание НДС, налога на прибыль и ряда других налогов. В частности, совершенствование порядка исчисления и уплаты НДС предусматривает следующие направления:

- расширение круга налогоплательщиков за счет индивидуальных предпринимателей;

- упорядочение системы исчисления и уплаты налога;

- введение единого порядка возмещения входного НДС для всех сфер деятельности, включая розничную торговлю и общественное питание;

- закрепление в законодательном порядке методики исчисления налога на добавленную стоимость на основе счетов-фактур;

- сокращение налоговых льгот.

Введение единой ставки подоходного налога, уменьшение обложения фонда оплаты труда, ликвидация налогов, уплачиваемых с выручки от реализации товаров, работ и услуг; отмена большинства льгот и другие предложенные меры позволят сделать налоговую систему менее обременительной и более простой для налогоплательщиков.

Снижение налоговых ставок должно положительно отразиться на стимулах к труду и предпринимательской активности, что должно привести к росту производительности труда и увеличению выпуска продукции, потребительского спроса вследствие роста необлагаемого дохода. Все это способствует увеличению государственных доходов, сдерживанию роста цен и инфляции, выходу «на свет» теневой экономики.

Кроме этого, необходимо завершить процесс ликвидации льгот, предоставленных закрытым административно-территориальным образованиям, продолжить упрощение системы таможенных тарифов. Простые и разумные налоги должны стать новым фундаментом ответственности бюджетной политики. Процесс регулирования налоговой задолженности предприятий должен быть существенно ускорен при последовательном вытеснении неденежных форм расчетов.

Продолжающееся осуществление бартерных сделок, а также проведение зачетов взаимных требований между предприятиями достаточно серьезно усложняют работу, как бухгалтеров, так и осуществление налогового контроля со стороны налоговой службы. Кроме того, необходимость дальнейшей реализации товаров, полученных в счет оплаты за реализованную продукцию (работы, услуги) с целью получения наличных денег или необходимых для собственного производства материалов (работ, услуг), приводит к вынужденной дополнительной реализации, которая влечет за собой начисление соответствующих налогов. Таким образом, происходит усиление налоговой нагрузки на предприятие, что в конечном итоге негативно сказывается на его финансовом положении.

Главным недостатком кодекса является то, что, он основан на далеко не бесспорных посылках, положенных в основу нынешней налоговой политики России, в частности, переориентации налоговой системы с преимущественно прямых налогов на налоги на потребление, а также усилении налогового пресса в отношении физических лиц при недостаточной проработке системы подоходного налогообложения.