Малые предприятия составляют отдельную группу, которая пользуется особыми льготами при уплате налога на прибыль. Одна из льгот по налогу на прибыль предусмотрена только для тех из них, которые производят и одновременно перерабатывают сельско-хозяйственную продукцию, производят продовольственные товары, товары народного потребления, строительные материалы, медицинскую технику, лекарственные средства и изделия медицинского назначения, а также строят объекты жилищного, производственного, социального и природоохранного назначения (включая ремонтно-строительные работы).

Льгота заключается в том, что эти малые предприятия не уплачивают налог на прибыль в первые два года работы, при условии, что выручка от указанных видов деятельности превышает 70% общей суммы выручки от реализации ими продукции (работ, услуг). В третий и четвертый год работы они уплачивают налог в размере соответственно 25% и 50% от установленной ставки налога на прибыль, если выручка от указанных видов деятельности составляет свыше 90% общей суммы выручки от реализации ими продукции (работ, услуг). При этом в общую сумму выручки не включается выручка, полученная от реализации основных фондов и иного имущества, и доходы, имеющие особый порядок налогообложения (например, дивиденды по акциям, проценты по облигациям).Указанная льгота не распространяется на предприятия, созданные на базе ликвидированных (реорганизованных) предприятий, их филиалов и структурных подразделений, в том числе созданных в результате приватизации государственных и муниципальных предприятий.

Другая льгота заключается в том, что при определении налогооблагаемой прибыли малого предприятия из нее исключается прибыль, направленная на строительство, реконструкцию и обновление основных производственных фондов, освоение новой техники и технологии.

Малые предприятия могут иметь льготы при осуществлении некоторых видов деятельности, выпускающие отдельные товары, в общем порядке. Например, по прибыли, направленной на финансирование капитальных вложений, на благотворительные взносы. Малые предприятия могут иметь также льготы по налогу на прибыль в общем порядке при наличии работающих в них инвалидов. Если инвалиды составляют не менее 50% от общего числа работников, то ставка налога на прибыль понижается на 50%.

При определении прав на указанные льготы в среднесписочную численность включаются состоящие в штате работники, включая работающих по совместительству, а также не состоящих в штате работающих по договорам подряда и другим договорам гражданско-правового характера.

Малые предприятия могут иметь льготы по НДС, если они выпускают товары, освобожденные от него. Кроме того, они освобождаются от НДС по лизинговым сделкам в полном объеме.

Малые предприятия могут быть в числе тех, которые освобождены от уплаты налога на содержание жилищного фонда и объектов социально-культурной сферы, например, если более 70% общего объема реализации составляют работы по реконструкции и капитальному ремонту жилого фонда.

По остальным группам налогов и акцизов малые предприятия не имеют специальных льгот. К льготам, не связанным с налогообложением, относится право, которое имеют малые предприятия как субъекты малого предпринимательства, в отношении ускоренной амортизации основных производственных фондов.