Исполнение бюджетов начинается после их утверждения в установленном порядке (для федерального бюджета - подписания Президентом РФ). В Российской Федерации устанавливается казначейское исполнение бюджетов (в настоящее время осуществляется переход от банковской системы кассового исполнения бюджета к казначейской - первоначально на эту систему перейдет федеральный бюджет, затем - бюджеты более низких уровней). На органы исполнительной власти возлагается организация исполнения и исполнение бюджетов, управление счетами бюджетов и бюджетными средствами. Указанные органы являются кассирами всех распорядителей и получателей бюджетных средств и осуществляют платежи за счет бюджетных средств от имени и по поручению бюджетных учреждений. Особая роль определена Федеральному казначейству Министерства финансов РФ - именно этот орган обеспечивает соблюдение принципа единства кассы - зачисление всех поступающих доходов и поступлений из источников финансирования дефицита бюджета на единый счет бюджета и осуществление всех предусмотренных расходов с единого счета бюджета. Осуществление бюджетных операций через счета Казначейства позволит обеспечить полный учет и контроль каждого этапа исполнения бюджета. Для исполнения федерального бюджета предусмотрено открытие в Казначействе лицевых счетов для каждого главного распорядителя, распорядителя и получателя средств бюджета. Федеральное казначейство должно регистрировать все бюджетные операции в Главной книге Казначейства и вести сводный реестр бюджетополучателей.

Исполнение бюджетов всех уровней осуществляется на основе бюджетной росписи - документа о поквартальном распределении доходов и расходов бюджета и поступлений из источников финансирования дефицита бюджета, устанавливающего распределение бюджетных ассигнований между получателями бюджетных средств и составляемый в соответствии с бюджетной классификацией РФ.

Исполнение бюджета по доходам предусматривает:

· перечисление и зачисление доходов на единый счет бюджета;

· распределение в соответствии с бюджетом регулирующих доходов;

· возврат излишне уплаченных в бюджет сумм доходов;

· учет доходов бюджета и составление отчетности о доходах бюджета.

Бюджеты по расходам исполняются в пределах фактического наличия бюджетных средств на едином счете бюджета с соблюдением процедур санкционирования и финансирования. Основные этапы санкционирования: составление и утверждение бюджетной росписи (в течение 17 дней со дня утверждения бюджета), утверждение и доведение уведомлений о бюджетных ассигнованиях до распорядителей и бюджетополучателей, утверждение смет доходов и расходов распорядителям бюджетных средств и бюджетным учреждениям, утверждение и доведение уведомлений о лимитах бюджетных обязательств до распорядителей и бюджетополучателей, принятие денежных обязательств бюджетополучателями, подтверждение и выверка исполнения денежных обязательств. Процедура финансирования заключается в расходовании бюджетных средств.

За исполнение доходной части бюджета отвечают Государственная налоговая служба и Государственный таможенный комитет (и их органы на местах), которые, помимо сбора налогов и других платежей в бюджет обязаны представлять информацию об исполнении бюджетов в Казначейство, а также органы, распоряжающиеся государственным (муниципальным) имуществом.

Если в процессе исполнения бюджета происходит снижение объема поступлений доходов в бюджет, вводится режим сокращения расходов (до 5 % - решением руководителя финансового органа, от 5 до 10 % - органа исполнительной власти, свыше 10 % - законом (решением), принимаемым органом законодательной (представительной) власти. Если последний не принял решение о сокращении в установленный законом срок, исполнительный орган вправе самостоятельно произвести пропорциональной сокращение (секвестр) расходов).