Срок пребывания товаров под отдельным таможенным режимом ограничен. Это относится к режимам транзита, реимпорта, таможенного склада, переработки на таможенной территории, реэкспорта, временного ввоза (вывоза) товаров и др.

В ряде случаев для помещения товаров под таможенный режим требуется получение лицензий соответствующих таможенных органов (магазин беспошлинной торговли таможенный склад, свободный склад, переработка на таможенной территории и вне таможенной территории). Режим свободной таможенной зоны вводится только по решению Правительства Российской Федерации.

Выдаваемые лицензии могут быть таможенными органами аннулированы, отозваны либо приостановлены. Эти вопросы решаются единообразно для всех таможенных режимов.

Лицензия аннулируется, если она не могла быть выдана заявителю на основании установленного порядка либо была выдана на основе неполных или недостоверных сведений, имевших существенное значение для принятия решения о ее выдаче. Решение об аннулировании действует с даты выдачи лицензии. Лицензия отзывается, если ее владелец не соблюдает требования, установленные Таможенным кодексом, либо если лицензия более не соответствует экономической политике Российской Федерации. Отзыв действует с даты принятия решения об отзыве.

При осуществлении таможенных операций органы, к которым в связи с этим поступают товары и другие материальные ценности, обязаны обеспечить их сохранность. Таможенный кодекс предусматривает обязательства, при которых такая ответственность не наступает. Нормы, определяющие их, также носят общий характер. Общим для всех режимов является правило, предусматривающее освобождение от ответственности за не сохранность товаров, если это вызвано аварией или обстоятельствами непреодолимой силы. Не несут соответствующие органы ответственности, и за недостачу товаров, образовавшуюся в силу естественного износа или убыли при нормальных условиях их транспортировки и хранения.

Особенности правового регулирования отдельных таможенных режимов отражены в соответствующих нормах Таможенного кодекса.