Шире уточнялись полномочия ГТУ: разработка вопросов таможенной политики, участие в разработке проектов международных договоров и конвенции в части, касающейся таможенно-тарифного дела; разработка проектов таможенных тарифов и разрешение вопросов, связанных с их применением, издание в подлежащих случаях, по соглашению с Наркомфином СССР и другими заинтересованными ведомствами правил, инструкций и прочих распоряжений по таможенному делу; надзор за выполнением таможенными учреждениями законодательных постановлений и административных распоряжений; разработка мероприятий по борьбе с контрабандой и иными нарушениями таможенным постановлений и наблюдение за их осуществлением; разрешение дел о контрабанде и о нарушениях таможенных постановлений по жалобам на решения таможен, не входящих в районы отделений Главного таможенного управления и т.д.

В главе о центральных таможенных органах также подробно определялись полномочия состоящего при НКВТ таможенно-тарифного комитета, функции уполномоченных НКВТ при СНК союзных республик в области таможенного дела и компетенция местных таможенных учреждений. Не предусматривалось в ТК СССР создание районных инспекторских управлений.

Во время Великой Отечественной войны деятельность многих таможен была прекращена или прервана. На севере напряженно продолжали работу Муромская и Архангельская таможни. На Каспийском море и по сухопутной границе, не являющейся зоной военных действий — от Черного моря до Тихого океана, активно работали таможни, пропускавшие внешнеторговые грузы, осуществлявшие контрольно-инспекторские функции, оперативную работу и борьбу с контрабандой.

После Великой Отечественной войны работа советских таможен была подчинена главной задаче — восстановление народного хозяйства.

Огромную роль в развитии советской таможенной системы в последние годы сыграли демобилизованные офицеры и солдаты-фронтовики, пришедшие на работу в таможенные органы из армии. Почти все они постепенно закончили высшие учебные заведения, возглавляли местные таможенные учреждения, работали в аппарате Главного таможенного управления.

В 1964 году был принят Таможенный кодекс СССР, который подтвердил, что управление таможенным делом в СССР относится к ведению Министерства внешней торговли и осуществляется через входящее в его состав Главное Таможенное управление. Таможенные учреждения стали осуществлять контроль за соблюдением государственной монополии внешней торговли и совершать таможенные операции, вести борьбу с нарушениями таможенных правил и контрабандой.

К ведению Главного таможенного управления относилось управление местными таможенными учреждениями, давало им руководящие указания и контроль за выполнением местными таможенными учреждениями законодательства и правил по таможенному делу, разрабатывает вопросы таможенной политики; участвовало в разработке проектов международных соглашений в части, касающейся таможенного дела, подготавливало проекты таможенных тарифов и решение вопросов, связанных с применением таможенных тарифов: рассматривало жалобы на решения таможен и действия должностных лиц таможенных учреждений, а также проверка в порядке надзора местных таможенных учреждений.

По кодексу 1964 года местными таможенными учреждениями являлись таможни и подчиненным им таможенные посты. Сведения, реорганизация и ликвидация таможен и таможенных постов производилась Министерством внешней торговли.

Важной правовой основой для деятельности таможенных учреждений СССР явился принятый 24 ноября 1982 г. закон «О государственной границе СССР». Этот закон неоднократно подчеркивал роль таможенных учреждений и закрепил их участие и взаимодействие с пограничными войсками в охране границы.

Реформой таможенного дела в СССР явилось создание в 1986 году Главного управления государственного таможенного контроля. Оно учреждалось как самостоятельный орган государственного управления и приобрело статус союзного ведомства.