Положение о главном управлении государственного таможенного контроля, утвержденное постановлением Совета Министров от 13 июля 1987 года определяло функции и порядок деятельности этого органа. Это управление несло ответственность за состояние и совершенствование таможенного контроля, усиление борьбы с контрабандой и нарушениями таможенных правил, эффективное применение таможенного тарифа.

Основными структурными единицами ГУГТК являлись управление и отделы. Компетенция управлений носила комплексный характер и полномочия одного управления тесно переплетались с полномочиями других.

Что касается местных таможенных учреждений, то таможни и таможенные посты по их дислокации можно было разделить на пограничные и внутренние. По специфике характера деятельности местные таможенные учреждения можно было подразделить на сухопутные, воздушные. морские (речные).

Увеличение числа международных перевозок и рост объема международного пассажирского сообщения обусловил в 1987-1990 гг. значительный рост количества местных таможенных учреждений.

Приняты в 1991 г. Таможенный кодекс легализовал фактически сложившуюся трехзвенную систему таможенных органов.

В 1993 г. был принят новый таможенный кодекс, который действует и по сегодняшний день.