Эффективность налогового контроля во много определяется издержками на его проведение. Современная система администрирования налогов должна обеспечивать снижение уровня издержек исполнения налогового законодательства как для государства, так и для налогоплательщиков. Именно поэтому следует упростить судебные процедуры, сопутствующие мероприятиям налогового контроля и взыскания платежей. В настоящее время бюджету обходится дороже судебная процедура взыскания некоторых штрафов, составляющих незначительные суммы. Судебная практика показывает, что до направления исков в суды следует реально оценивать перспективы их рассмотрения, изучая гражданское и хозяйственное законодательство. В последнее время острой критике со стороны правозащитников плательщика подвергается право взыскания налогов за счет средств дебиторов плательщика в бесспорном порядке на основании решений руководителей налоговых органов, поскольку в данном случае налоговые органы наделяются судебными полномочиями. Однако в условиях отсутствия специализированных налоговых судов и необходимости несения порой весьма существенных затрат на судебные процедуры эта мера, на взгляд автора, наиболее эффективна. Но с другой стороны, право осуществлять такого рода действия непосредственно налоговыми органами может расцениваться как своего рода беспредел, потому что зачастую оно влечет достаточно значительное нарушение прав налогоплательщиков. Эту проблему, в правовом аспекте, могло бы решить создание специализированных налоговых судов, хотя их функционирование сопряжено с определенными издержками. В настоящее время руководители налоговых инспекций весьма острой считают проблему именно взыскания платежей (они признают, что само по себе качество налоговых проверок значительно не страдает, но проблему представляет взыскание допричисленных сумм, о чем свидетельствует также не очень высокий процент взыскания). Поэтому в целях решения данного вопроса (в условиях отсутствия налоговых судов) следует более четко законодательно урегулировать ситуации, когда налоговый орган может самостоятельно, без обращения в судебные органы, принимать решения о выставлении платежных требований к дебиторам плательщика, определять недействительность сделок и проводить необходимые списания средств.

Одним из важнейших направлений совершенствования налогового контроля является непосредственное совершенствование его форм и методов, методологии проведения налоговых проверок.

Анализ контрольной работы инспекции показывает, что в плане допричисления сумм платежей наибольшую роль играют документальные проверки. Именно поэтому областное управление контроля в целях совершенствования работы налоговиков в этой области пристальное внимание уделяет разработке соответствующих методических указаний, памяток, которыми руководствуются специалисты при проверках. Положительным явлением стало регулярное проведение соответствующих семинаров и совещаний, а также глубокий анализ имевших место нарушений, определение тенденций в таких нарушениях. То есть важнейшее направление повышения эффективности налогового контроля – совершенствование методологии налоговых проверок.