Как показывает практика, в налоговых органах работают, как правило, специалисты с достаточно высокой квалификацией, но вместе с тем налоговики обычно являются специалистами широкого профиля, которые в силу этого недостаточно хорошо владеют отраслевой спецификой предприятий. Иногда из-за этого страдает качество проверок. В связи с небольшой численностью работников отдела контроля за налогообложением юридических лиц и достаточно значительной нагрузкой на одного проверяющего представляется невозможным ввести четкую специализацию по отраслям среди налоговиков. Один и тот же работник сегодня выезжает на проверку в строительно-монтажное управление, а через месяц – в колхоз. Конечно, такая проблема не остается без внимания: областное управление контроля регулярно присылает в инспекцию методические указания и памятки по контрольной работе в различных отраслях с указанием моментов, на которые контролеры должны обратить внимание, проверяя плательщика той или иной отрасли. Кроме того, совместно с органами, курирующими те или иные отрасли, проводится учеба со специалистами налогового органа. Так, совместно с Комстрахнадзором создавалась межведомственная рабочая группа по совершенствованию форм и методов контроля за страховыми организациями. В целях совершенствования налогового контроля необходимо уделять внимание работе в каждой отрасли, учитывая ее специфику. Положительным образом сказалось бы создание специализированных централизованных баз данных, в которых налоговики быстро и без каких-либо трудностей могли бы получить полную и современную информацию по необходимым им вопросам в разрезе специфики отраслей.

Определенные трудности возникают в плане контроля за юридическими лицами, у которых есть филиалы или иные структурные подразделения в своем составе без права юридического лица, имеющие отдельный расчетный счет и баланс. Например, структурные подразделения страховых организаций уплачивают только налоги на фонд оплаты труда и экологический налог. Расчет отчислений в страховые резервы, балансовой прибыли и уплату налога на доходы от страховой деятельности производит головная организация с учетом структурных подразделений. Проверяющий головную организацию инспектор не имеет возможности проконтролировать обоснованность формирования себестоимости страховых услуг филиалами и достоверно определить доход от страховых услуг, так как структурные подразделения проверяются разными ИМНС в разное время.

Поэтому в целях совершенствования контрольной работы с юридическими лицами, имеющими в своем составе структурные подразделения, необходимо изменение порядка проведения проверок таких плательщиков. Здесь имеется в виду проведение проверок их только в соответствии с планом, разработанным управлением методологии МНС. Такое планирование позволит проводить проверки головного предприятия и структурных подразделений одновременно, что повысит эффективность контроля. Необходима также разработка соответствующих инструкций, которые определили бы вопросы налогообложения юридических лиц, имеющих в составе структурные подразделения.