Одной из причин недопоступления налогов в федеральный бюджет является предоставление отсрочек (рассрочек) по уплате налоговых платежей по Указам Президента Российской Федерации и Постановлениям Правительства. По состоянию на 01.01.2000 их размер составляет 17,6 млрд. рублей и по сравнению с началом года они выросли на 6,4 млрд. рублей, или на 56,6%.

Кроме того, около 2,4 млрд. рублей составляет недоимка, невозможная к взысканию (по ликвидированным организациям), включая уже списанную недоимку, что также является прямыми потерями бюджета.

К выпадающим доходам можно отнести также суммы возмещения организациям - экспортерам входного налога на добавленную стоимость, уплаченного ими за приобретенные и используемые в производстве экспортной продукции материальные ресурсы. В целом за 1999 год на расчетные счета организаций - экспортеров было возвращено 16 млрд. рублей, что в 6,6 раза больше, чем в 1998 году.

Вопросы межбюджетных отношений остаются в настоящее время достаточно острыми. Устанавливаемые ежегодно федеральными законами о федеральном бюджете на текущий год нормативы расщепления и зачисления регулирующих налогов и сборов в бюджеты различных уровней систематически не соблюдаются, и, в большинстве случаев, потери несет федеральный бюджет. В результате, значительные суммы также выпадают из федерального бюджета. Например, только по налогу на добавленную стоимость Республика Татарстан в 1999 году недоперечислила в федеральный бюджет порядка 1,5 млрд. рублей. Потери федерального бюджета по акцизам на нефть, газ, бензин автомобильный по Республике Башкортостан за 1999 год приблизились к 3 млрд. рублей. Что касается об акцизах на спирт, водку и ЛВИ, то в результате нарушения федерального закона «О федеральном бюджете» федеральный бюджет потерял 0,9 млрд. рублен.

В нарушение действующего законодательства Российской Федерации в республиках руководствуются собственными законами (в Республике Татарстан от 26.12.91 № 1368-XII «О Дорожном фонде в Республике Татарстан», а в Республике Башкортостан - от 05.11.93 № ВС-21/27 «О Дорожном фонде Республики Башкортостан»), в соответствии с которыми налоги на реализацию горюче-смазочных материалов и на пользователей автомобильных дорог полностью зачисляются в дорожные фонды этих республик. В результате в 1999 году в бюджеты Республик поступило свыше 3 млрд. рублей, подлежащих перечислению в федеральный бюджет страны.

Иными словами, выпадающие доходы, образовавшиеся в результате нарушения зачислений в федеральный бюджет налогов и сборов, мобилизуемых на территории Республик Башкортостан и Татарстан, составили в 1999 году более 8 млрд. рублей.

Продолжающая иметь место практика проведения различного рода взаиморасчетов, особенно на региональном уровне, а также предоставлением льгот, отсрочек и рассрочек по уплате налогов и сборов, привели к диспропорциям в поступлении налоговых платежей.

Предоставляемые налоговые льготы и освобождения отдельным регионам и категориям налогоплательщиков также приводят к прямым потерям федерального бюджета (например, в связи с предоставлением налоговых льгот в закрытых административно-территориальных образованиях, которых насчитывается более 40, в 15 свободных экономических зонах).

Значительные потери несет федеральный бюджет и в связи с образованием (в 1999 году их было 15) свободных экономических зон.

Совокупная задолженность в бюджетную систему страны (включая задолженность по пеням и налоговым санкциям) на начало 2000 года составила 707 млрд. рублей, или возросла почти в 1,5 раза по сравнению с началом 1999 года. При этом задолженность по налоговым платежам в консолидированный бюджет страны составила 378 млрд. рублей (53,5% всей задолженности) и выросла также почти в 1,5 раза, а задолженность по штрафам и пени - соответственно 329 млрд. рублей, или в 1,4 раза.

Высокие темпы роста поступлений в последние 5-6 месяцев, проведенные расчеты по целевому погашению задолженности не могли не сказаться на улучшении положения дел с задолженностью по налогам и сборам в федеральный бюджет. Задолженность продолжает расти, но темпы ее роста значительно медленнее, чем в соответствующие месяцы 1998 года. Снижается и абсолютный размер прироста задолженности в 1999 году. Так, если в I полугодии 1999 года задолженность росла в среднем на 9,8 млрд. рублей в месяц, то во II полугодии - в среднем на 4,8 млрд. рублей, или в 2 раза ниже.

Задолженность по налогам и сборам в федеральный бюджет увеличилась со 159,2 млрд. рублей на 01.01.99 до 246,7 млрд. рублей на 01.01.2000, или почти на 55% (в соответствующем периоде 1998 года - на 68%). Рост задолженности по налоговым платежам в федеральный бюджет произошел абсолютно по всем субъектам Российской Федерации. Самый значительный рост задолженности по сравнению с началом 1999 года отмечается в г. Санкт-Петербурге (в 5,1 раза). Ненецком АО и Московской области (в 2,1 раза), в Ханты-Мансийском АО (в 2 раза). Республике Ингушетия, Калужской области и в г. Москве (в 1,9 раза). Одна треть всей задолженности по налоговым платежам приходится на Московскую область (9,3% всей задолженности), г. Москву (6,4%), Ханты-Мансийский АО (6,2%), Свердловскую область (4,3%), г. Санкт-Петербург (4,2%) и Кемеровскую область (4,1%).