По предварительным данным в 1999 году налоговыми органами выездными проверками было охвачено 590 тыс. налогоплательщиков - юридических лиц, или 20,5 % от общего количества состоящих на учете в налоговых органах. Проверками отчетов и налоговых расчетов дополнительно начислено налогов и предъявлено налоговых санкций на сумму 191 млрд. рублей, что составляет 18,3% к поступлениям в бюджет и целевые бюджетные и государственные внебюджетные фонды, из них выездными проверками доначислено 47,6 млрд. рублей.

Дополнительные начисления сумм налогов и сборов (без учета налоговых санкций и пени) в бюджетную систему по результатам выездных и камеральных проверок возросли с 48,6 до 75,4 млрд. рублей, или в 1,6 раз. В расчете на одного работника налоговых органов, занимающего должность руководителя или специалиста, доначислено налогов и сборов на сумму 516 тыс. рублей, что по сравнению с 1998 годом больше в 1,6 раза.

Наиболее значительные суммы доначислений по выездным проверкам произведены налоговыми органами г. Москвы, Иркутской, Московской, Оренбургской областей, Ханты-Мансийского, Ямало-Ненецкого автономных округов и некоторых других субъектов Российской Федерации.

Из доначисленных платежей в бюджетную систему за истекший год поступило 29,6 млрд. рублей, в 1998 г. - 26,7 млрд. рублей, т.е. на 2,9 млрд. рублей, или на 11%, больше, чем в предыдущем году. По выездным проверкам взыскано в бюджет 19,3 млрд. рублей, что составляет 118% к данным за 1998 год. К нарушителям налоговой дисциплины принимались предусмотренные действующим законодательством меры воздействия. Более 317 тыс. должностных лиц предприятий, учреждений и организаций и 482 тыс. физических лиц-предпринимателей привлечены к административной ответственности с наложением штрафов на общую сумму 197 млн. рублей, 110 тысяч раз приостанавливались операции по счетам налогоплательщиков.

На постоянной основе осуществляется взаимодействие налоговых органов с органами налоговой полиции. В 1999 году проведены совместные выездные проверки 14,4 тыс. юридических и 19,1 тыс. физических лиц. По результатам проверок доначислено платежей в бюджет и целевые бюджетные и государственные внебюджетные фонды (включая финансовые санкции), 13,6 млрд. рублей. Сумма поступивших налогов и сборов, дополнительно начисленных в результате проведенных совместных проверок, возросла по сравнению с 1998 г. на 429,5 млн. рублей, или на 12%.

Следует отметить положительные результаты контрольной работы, достигнутые налоговыми органами Самарской, Томской, Ярославской и Челябинской областей, г. Москвы, Ямало-Ненецкого автономного округа. Так, Управлением МНС России по Самарской области мобилизовано в федеральный бюджет дополнительно начисленных платежей на 2,4 млрд. рублей (или в 6 раз) больше, чем планировалось, при этом сумма взыскания дополнительно начисленных платежей в расчете на одну выездную проверку в сравнении с 1998 г. возросла в 5 раз. Достижению высоких результатов контрольной работы указанными управлениями способствовало применение процедур целенаправленного отбора налогоплательщиков для проведения выездных налоговых проверок, эффективных форм и методов контрольной работы, хорошо налаженное взаимодействие с правоохранительными и иными контролирующими органами.

В 1999 году Министерство провело комплексные проверки контрольно-ревизионной работы по своевременному и полному поступлению налогов и сборов и других платежей в бюджет и целевые бюджетные и государственные внебюджетные фонды, а также по использованию средств, выделяемых на содержание налоговых органов, в 10 Управлениях МНС России по субъектам Российской Федерации (Ненецкому АО, Липецкой области. Брянской области. Хабаровскому краю. Псковской области, Курганской области, г. Москве, Кабардино-Балкарской Республике, Орловской области. Ставропольскому краю).

По результатам проверок в каждом из проверенных Управлений были проведены коллегии с участием всех проверяющих организаций, на которых был произведен подробный разбор выявленных нарушений и намечены конкретные меры по их ликвидации.

Законотворческая деятельность Министерства в 1999 году была направлена, прежде всего, на разработку законопроектов по снижению налоговой нагрузки на товаропроизводителей и усилению мер административной ответственности за нарушение налогового законодательства.

В 1999 году в Государственной Думе было рассмотрено свыше 30 проектов федеральных законов, подготовленных Министерством. Из них подписаны Президентом - 14, остальные находятся в стадии рассмотрения. В частности, был принят закон «О внесении изменений и дополнений в часть первую Налогового кодекса Российской Федерации».

Помимо этого были приняты законы, вносящие изменения в действующие законодательные акты, а именно: Федеральный закон от 31.03.99 № 62-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Закон Российской Федерации «О налоге на прибыль предприятий и организаций», Федеральный закон от 02.01.2000 №2-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Федеральный закон «Об акцизах». Федеральный закон от 02.01.00 № 36-ФЗ «О внесении изменений в Закон Российской Федерации «О налоге на добавленную стоимость». Федеральный закон от 31.03.99 № 65-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Закон Российской Федерации «О подоходном налоге с физических лиц», Федеральный закон от 31.03.99 № 63-ФЗ «О внесении изменении и дополнений в Федеральный закон «О едином налоге на вмененный доход для определенных видов деятельности», Федеральный закон от 02.04.99 № 67-ФЗ «О внесении изменений в законодательные акты Российской Федерации о закрытых административно-территориальных образованиях».