Система налогообложения предприятий в 1991 году не исчерпывалась налогом на прибыль и дополняющими его элементами: она включала налоги на экспорт, на импорт, с продаж, а также отчисления в стабилизационный фонд и др. Сохранялся и даже получил некоторое расширение сферы применения налог с оборота. Косвенные налоги в отечественной налоговой системе в этот период были представлены налогом с оборота и налогом с продаж. Ставки налога с оборота по-прежнему устанавливались в виде разницы между государственными розничными ценами за вычетом торговых и оптово-сбытовых скидок или оптовыми ценами промышленности и оптовыми ценами пред­приятий, а по некоторым товарным позициям — в процентах к обороту или в твердых суммах с единицы товара. Более того, в 1991 году был расширен круг плательщиков налога с оборота за счет совместных (с иностранным участием) предприятий, продукция которых ранее не подпадала под обложение данным налогом. Доля налога с оборота в этот период составляла 25,7% доходов союзного бюджета (в 1990 году). В доходах российского бюджета его величина была чуть меньше — 22,2% (в 1991 году).

Введение налога с продаж в 1991 году преследовало главным образом цель расширения доходной базы бюджета. Этот налог был введен союзными властями как единый налог на продажи по всей технологической цепочке по ставке 5%. Налог с продаж охватывал весьма широкий перечень товаров, оставляя лишь некоторые исключения. Методика расчета, когда налог с продаж, уплаченный при приобретении сырья, материалов, комплектующих и т. д., подлежал вычету из сумм налога, полученных с покупателя продукции, в известной степени роднила данный налог с НДС, введенным позднее, в 1992 году.

Стабилизационные возможности налога с продаж в 1991 году использовать практически не удалось. Недовольство населения централизованным повышением цен в результате введения этого налога было «погашено» отменой налога на широкий круг товаров народного потребления. При этом российские и союзные власти фактически соревновались, кто освободит от этого налога более широкий круг товаров. В результате реальная ставка налога с продаж в среднем по России составила около 1,8%, а потери республиканского бюджета в 1991 году от льгот по налогу с продаж оказались сопоставимы с дефицитом бюджета.

Законодательство, регулировавшее индивидуальное подоходное налогообложение, также в этот период претерпело некоторые изменения. Наиболее существенными из них были выделение в относительно самостоятельный сегмент налогообложения доходов от индивидуальной предпринимательской деятельности, усиление социальной составляющей при предоставлении налоговых льгот: почти все льготы стали предоставляться исходя из социального статуса человека (инвалиды, пенсионеры, одинокие матери и т. д.). Были несколько изменены и базовые параметры налогообложения: повышен не облагаемый налогом минимум доходов, снижены ставки с низких размеров доходов и усилена прогрессия при высоких доходах. Необходимо отметить, что в этот период налогообложение доходов населения осуществлялось в рамках месячного налогового периода. Только в отношении доходов от индивидуальной трудовой и предпринимательской деятельности было сделано исключение — осуществлен переход к годовому налоговому периоду. Российское налоговое законодательство в отношении налогообложения доходов населения, так же как в случае с налогообложением доходов юридических лиц, отличалось от общесоюзного, предлагая относительно пониженный уровень налогообложения и более широкий спектр налоговых льгот.

В отношении налогообложения доходов от индивидуальной трудовой деятельности первоначально был избран рестриктивный подход, в соответствии с которым уровень налогообложения этой категории доходов был существенно выше, чем уровень налогообложения тех же сумм, полученных от занятости по найму. Так, доля налога в доходах в размере средней заработной платы (530 руб. в 1991 году), полученных от выполнения трудовых обязанностей, составляла 12,1 %, а при индивидуальной трудовой деятельности — 23,8% (по союзному законодательству). Позднее дискриминационный характер налоговой системы в отношении индивидуального предпринимательства был устранен.