Аналогично и объем налоговых льгот, предоставляемых налогоплательщикам по российскому законодательству, был более широким и более значительным, чем по союзному законодательству. Разница в уровнях ставок налога на прибыль, а также в объеме предоставляемых льгот по налогу в этот период имела определенную политическую подоплеку и была нацелена на стимулирование перехода государственных предприятий из союзного подчинения в республиканское.

Введенная налоговая система отнюдь не все предприятия поставила, даже формально, в равное положение. Специальные налоговые ставки были установлены для коммерческих банков (55 и 45%), для совместных предприятий, доля иностранного партнера в уставном капитале которых превышает 30% (ставка 30%), предприятий Центросоюза и некоторых других.

Предусмотренная союзным и российским законодательством система льгот предоставляла право на налоговые вычеты по расходам на НИОКР, на природоохранные мероприятия, на социальные и благотворительные цели. По предварительным расчетам, проведенным правительством еще до введения в силу союзного закона, в результате применения налоговых льгот реальная (эффективная) налоговая ставка могла составить 28%. Однако по результатам 1991 года в России эффективная ставка составила 31,1%.

Система налогообложения прибыли в тот период включала два специфических элемента, отмененных несколько позднее. Первым из них было установление дифференцированных ставок налога на прибыль в пределах установленного норматива рентабельности и при его превышении, вторым — налоговое регулирование темпов роста расходов на оплату труда в себестоимости (просуществовал в российской модели налогообложения до 1993 года).

Косвенная привязка налогообложения к уровню рентабельности предприятий фактически приводила к повышению эффективной налоговой ставки против законодательно установленного максимального уровня (35% — по союзному и 32% — по российскому законодательству). В случае превышения предельного уровня рентабельности союзное законодательство устанавливало «запретительные» налоговые ставки в размере 80—90%. При этом предельный уровень рентабельности (к себестоимости) определялся как удвоенный среднеотраслевой. Установленные среднеотраслевые пока­затели колебались от 20% по большинству отраслей (кроме легкой, пищевой и некоторых других) до 40% для связи и издательской деятельности. При превышении предельного уровня рентабельности менее чем на 10 процентных пунктов к этой величине прибыли применялась ставка 80%, а свыше этого уровня — 90%.

Такое повышение реальных налоговых ставок по сравнению с номинальными привело к тому, что амнистировались крупные предприятия, не стимулировалось повышение эффективности производства. Напротив, налоговая система понуждала предприятия манипулировать с фактической себестоимостью и делала выгодным прямое сокращение объемов производства (так как это влекло относительный рост издержек за счет условно постоянных расходов).

Российское налоговое законодательство вслед за союзным также предусматривало установление предельного уровня рентабель­ности. В отличие от союзного законодательства и предельный уровень рентабельности, и рестриктивная ставка были установлены на более льготных для предприятий уровнях. Так, предельный уровень рентабельности по российскому закону составлял 50% (против 20— 40% по союзному), а налоговая ставка при его превышении составляла 75% (против 80-90%).

Одним из элементов налогообложения прибыли предприятий этого периода стало использование специального механизма ограничения роста расходов на оплату труда. Суть его состояла в нормировании тех расходов на оплату труда, которые могли быть включены в себестоимость. Нормирование осуществлялось из средних величин расходов на оплату труда предшествующего года и темпов роста объемов производства продукции, скорректированных с помощью дифференцированных коэффициентов (от 0,9 до 0,4 по разным отраслям). Средства, направленные на оплату труда, превышающие нормативные значения, фактически увеличивали налогооблагаемую прибыль предприятия.